Την ίδια περίοδο, ο Γ. Καραϊσκάκης, μετά από συνεννόηση με τον Κολοκοτρώνη, ζητά να ηγηθεί εκστρατείας εναντίον του Κιουταχή. Ο Ζαΐμης, είχε υποστεί μεγάλη προσβολή από τον Καραϊσκάκη, όταν κατά τον εμφύλιο, οι άνδρες του «γιου της καλόγριας» μπήκαν στο αρχοντικό του στην Κερπινή των Καλαβρύτων και κρέμασαν τα εσώρουχα της συζύγου του στις κάννες των τουφεκιών τους, περιφέροντάς τα ως τρόπαια… Ωστόσο o Ζαΐμης που ήταν καλοκάγαθος χαρακτήρας, πείστηκε να δεχτεί την ανάθεση της αρχιστρατηγίας της Ρούμελης στον Καραϊσκάκη. Έτσι, όταν ο Καραϊσκάκης κλήθηκε στο Μπούρτζι του Ναυπλίου, έδρα της «Διοικητικής Επιτροπής», άκουσε, μάλλον έκπληκτος, ότι του ανατίθεται η αρχιστρατηγία της Ρούμελης και τον Α. Ζαΐμη να του λέει: «Η πατρίς από μας γυρεύει σήμερα να μονοιάσουμε».
Ο Καραϊσκάκης αγκάλιασε τον Ζαΐμη, βαθιά συγκινημένος. Ο Υδραίος πλοιοκτήτης Βασίλης Βουδούρης (ή Μπουντούρης), που ήταν παρών, είπε: «Καραϊσκάκη, δεν έχεις κάνει μέχρι τώρα το χρέος προς την πατρίδα, ο Θεός να σε φωτίσει να το κάνεις από δω κι εμπρός».
«Δεν τ’ αρνούμαι! Όταν θέλω γίνομαι άγγελος, κι όταν πάλι θέλω γίνομαι διάβολος. Από δω και πέρα έχω σκοπό να γίνω άγγελος», απάντησε ο Καραϊσκάκης. Κάποιοι ιστορικοί, αμφισβητούν ότι ο Καραϊσκάκης είπε αυτή τη φράση. Το σίγουρο είναι, είτε την είπε είτε όχι, ότι ως τον μυστηριώδη θάνατό του τον επόμενο χρόνο, έγινε άγγελος…
Α. Ζαΐμης
Από το Ναύπλιο ως τη Δόμβραινα
Στις 19 Ιουλίου 1826, ο Καραϊσκάκης ξεκίνησε από το Ναύπλιο, με λιγότερους άνδρες απ’ όσους είχε όταν έφτασε στην πελοποννησιακή πόλη! Όπως γράφει ο Δ. Αινιάν στα Απομνημονεύματά του, ξεκίνησε με 200 άνδρες «και από αυτούς μερικοί έφυγαν καθ’ οδόν». Όσο για τα υπόλοιπα στρατεύματα; «…ενησχολούντο εις τον σταφιδοπόλεμον», κατά τον Δ. Αινιάν…
Σύντομα όμως, κατόρθωσε να συγκεντρώσει 3.500 άνδρες και να συγκροτήσει στρατόπεδο στην Ελευσίνα. Στις 3 Αυγούστου, ο Κιουταχής με 10.000 άνδρες και 26 πυροβόλα, έφτασε στην Αθήνα από τη Θήβα και ετοιμαζόταν να επιτεθεί κατά της Ακρόπολης. Στις 5 Αυγούστου, ο Καραϊσκάκης στρατοπέδευσε στο Χαϊδάρι και αναχαίτισε εχθρική επίθεση. Στις 8 Αυγούστου, οι ελληνικές δυνάμεις έχασαν πολλούς άνδρες εξαιτίας κακής τακτικής του Γάλλου φιλέλληνα, Φαβιέρου. Από εκείνη τη μέρα, άρχισε έντονη διαφωνία ανάμεσα στον Φαβιέρο και τον Καραϊσκάκη.
Στις 9 Αυγούστου, ο Καραϊσκάκης συναντήθηκε χωρίς να το γνωρίζει από πριν, μετά από πρωτοβουλία του ναυάρχου Δεριγνί, στη γαλλική ναυαρχίδα «Σειρήν», που βρισκόταν στον κόλπο της Ελευσίνας, με τους Κιουταχή και Ομέρ πασά. Αυτοί του πρότειναν να δηλώσει υποταγή με αντάλλαγμα «όλα τα βιλαέτια από την Αθήνα μέχρι την Άρτα». Αυτός όμως αρνήθηκε κατηγορηματικά.
Αφού έμεινε για λίγο καιρό στην Ελευσίνα, ο Καραϊσκάκης συνειδητοποίησε ότι για να μπορέσει να επικρατήσει, θα πρέπει να αυξήσει τους άνδρες και τους πόρους του στρατεύματός του και να διακόψει κάθε οδό ανεφοδιασμού του Κιουταχή. Έτσι, ο Βάσος Μαυροβουνιώτης με 1.000 άνδρες θα παρέμενε στο στρατόπεδο της Ελευσίνας για να αναχαιτίζει τις επιδρομές των Τούρκων εναντίον των χωριών τους (Μέγαρα, Περαχώρα, Πίσσα, Κούντουρα, Τομάζι και Βόλια) και να παρενοχλεί τον Κιουταχή. Ο Καραϊσκάκης επικεφαλής 2.000 πεζών και 64 ιππέων, υπό τον Χατζημιχάλη Νταλιάνη, θα επιχειρούσε βορειοδυτικά για να εκδιώξει τις τουρκικές φρουρές, να επαναφέρει τα προσκυνημένα χωριά στο ελληνικό «στρατόπεδο» και να αποκόψει τη βασική οδό τροφοδοσίας του Κιουταχή, καταλαμβάνοντας τις Θερμοπύλες.
Ξεκίνησε το πρωινό της 25ης Οκτωβρίου. Πέρασε από τα χωριά Καλύβια Κουντουριώτικα και Κούντουρα και μετά από πορεία 5 ωρών μέσα σε καταρρακτώδη βροχή, έφτασε στην Κάζα. Στις 27 Οκτωβρίου, έφτασε στη Δόμβραινα όπου συγκρούστηκε με την τοπική τουρκική φρουρά (300 άνδρες περίπου). Όπως έγραφε ο Γερμανός φιλέλληνας Τράιμπερ που ακολουθούσε ως γιατρός τον Καραϊσκάκη: «Οι Τούρκοι διασκεδάζουν πυροβολώντας μας όταν περνάμε κοντά απ’ αυτούς. Οι δικοί μας μπαίνουν στη Δόμπραινα και κάνουν πολλές λεηλασίες. Έχουμε μόνο λίγους τραυματίες και δύο νεκρούς».
Ακολούθησαν επανειλημμένες προσπάθειες των Τούρκων να ανεφοδιάσουν και να ενισχύσουν τους πολιορκημένους στη Δόμβραινα. Τη νύχτα της 3ης Νοεμβρίου, έφτασαν από τη Λιβαδειά 1.500 εμπειροπόλεμοι Τουρκαλβανοί με επικεφαλής τον Μουσταφά ή Μουστα(φά)μπεη Κιαφεζέζη ο οποίος ήταν «ανήρ ωραίος, μετρίου αναστήματος, ανδρείος, δραστήριος και χριστιανομάχος», όπως γράφει ο Χ. Περραιβός. Οι συγκρούσεις με τις δυνάμεις του Καραϊσκάκη, δεν είχαν ουσιαστικό αποτέλεσμα.
Αγώνας δρόμου Ελλήνων και Τουρκαλβανών να φτάσουν στην Αράχωβα
Στις 11 Νοεμβρίου σε μάχη κοντά στη Δόμβραινα, σκοτώθηκε ο Γιαννάκης Σουλτάνης, ένας από τους ικανότερους αρχηγούς της φρουράς του Μεσολογγίου. Ο θάνατός του στενοχώρησε πολύ τον Καραϊσκάκη. Στις 14 Νοεμβρίου, ο «γιος της καλόγριας» εγκατέλειψε τη Δόμβραινα καθώς κατάλαβε ότι ήταν ανώφελη η πολιορκία της. Άφησε εκεί 100 άνδρες με επικεφαλής το Νικολό Βαρβιτσιώτη και κατευθύνθηκε προς το Δίστομο όπου έφτασε στις 17 Νοεμβρίου. Εκεί τον περίμεναν πολλοί Σουλιώτες, οι οποίοι αρχικά είχαν αντιδράσει στον ορισμό του ως αρχιστράτηγου.
Ένα ελληνικό σώμα με επικεφαλής τον Μακεδόνα Αγγελή Γάτσο προσέγγισε την Αταλάντη, με σκοπό να χτυπήσει την τουρκική φρουρά που βρισκόταν εκεί. Ωστόσο, το σώμα αυτό διασκορπίστηκε από τον Μπουστάμπεη, ο οποίος στη συνέχεια επέστρεψε στη Λιβαδειά. Εκεί, έκπληκτος έμαθε ότι ο Καραϊσκάκης είχε εγκαταλείψει τη Δόμβραινα και βρισκόταν στο Δίστομο. Ξεκίνησε λοιπόν, επικεφαλής 2.000 επίλεκτων Τουρκαλβανών πεζών και 200 ιππέων για να καταλάβει την Αράχωβα, εξασφαλίζοντας τον έλεγχο της γύρω περιοχής.
Αν κατόρθωνε να κυριεύσει την Αράχωβα, θα μπορούσε να βοηθήσει τους πολιορκημένους Τούρκους των Σαλώνων (Άμφισσας) αλλά και να «χτυπήσει» τους Έλληνες στο Δίστομο.
Οι υπόλοιποι επικεφαλής των Τουρκαλβανών, ήταν ο Καριοφίλμπεης, αδελφός του Μουστάμπεη, ο Ελμάζμπεης και ο Κεχαγιάς (προφανώς εδώ γραμματέας), του Κιουταχή.
Οι Τουρκαλβανοί διανυκτέρευσαν στο μοναστήρι της Ιερουσαλήμ (Αγιαρσαλή κατά τους χωρικούς της περιοχής), πάνω από τη Δαύλεια. Ένας διάκονος που γνώριζε αλβανικά, άκουσε τον Μουστάμπεη να λέει ότι την άλλη μέρα θα έφταναν στην Αράχωβα και ενημέρωσε τον ηγούμενο της μονής. Ο ηγούμενος ειδοποίησε τον Καραϊσκάκη με τον μοναχό Παφνούτιο Χαρίτο. Μόλις ο Καραϊσκάκης πληροφορήθηκε τις κινήσεις των Τουρκαλβανών, κινήθηκε αστραπιαία. Έστειλε τον υπαρχηγό του Αλέξη Γαρδικιώτη Γρίβα και τον Γεώργιο Βάγια, με 500 άνδρες, να καταλάβουν την Αράχωβα, να οχυρωθούν στα πιο ψηλά και γερά σπίτια και να εμποδίσουν τη διάβαση των εχθρών. Παράλληλα, τοποθέτησε καραούλια (σκοπιές) σε επίκαιρα σημεία για να τον ειδοποιήσουν για τις κινήσεις των Τουρκαλβανών. Ακόμα, έστειλε ταχυδρόμους στον Γεώργιο Δυοβουνιώτη που βρισκόταν στους Δελφούς και στους πολιορκητές των Σαλώνων, να σπεύσουν στην Αράχωβα. Το σχέδιο του Καραϊσκάκη, ήταν ευφυές. Ήθελε να αποκλείσει τους εχθρούς στην Αράχωβα, χωρίς να τους αφήσει να την καταλάβουν. Σχεδίαζε, να σχηματίσει γύρω τους κλοιό για να τους «χτυπά» απ’ όλες τις μεριές.
Μετά από ένα πραγματικό αγώνα δρόμου, ο Γρίβας με τους άνδρες του κατόρθωσε να φτάσει πρώτος στην Αράχωβα. Κατέλαβε την εκκλησία του Αγίου Γεωργίου και τα πιο οχυρά σπίτια. Σχεδόν ταυτόχρονα, έφτασε και η εμπροσθοφυλακή των Τουρκαλβανών. Αμέσως ξεκίνησαν οι πρώτες συγκρούσεις.
Η μάχη της Αράχωβας
Οι Τουρκαλβανοί κινήθηκαν προς την Αράχωβα από δύο κατευθύνσεις. Το πεζικό, προχώρησε από μια στενή οδό που συνδέει τη μονή της Ιερουσαλήμ με την κωμόπολη. Το ιππικό, προχώρησε μέσα απ’ το Ζεμενό, απ’ όπου διέρχεται η Σχιστή Οδός της αρχαιότητας. Μόλις ο Καραϊσκάκης πληροφορήθηκε την πορεία τους, έστειλε τον Χριστόδουλο Χατζηπέτρο για να τους φράξει τον δρόμο απ’ τα ανατολικά προς το Ζεμενό.
Για 3 ώρες περίπου Έλληνες και Τουρκαλβανοί συγκρούονταν στην Αράχωβα. Υποχωρώντας προς τα δυτικά οι τελευταίοι, έπεσαν πάνω στους άνδρες των Δυοβουνιώτη, Πανουργιά και Γιαννούση. Το ευφυές σχέδιο του Καραϊσκάκη να περικυκλώσει τους εχθρούς, είχε στεφθεί με απόλυτη επιτυχία. Μοναδική διέξοδος των Τουρκαλβανών, ήταν ο δρόμος προς τον Παρνασσό.
Έτσι, ο Μουστάμπεης εγκατέστησε τις δυνάμεις του σε δύο υψώματα κοντά στην Αράχωβα και καθώς ο Καραϊσκάκης πλησίαζε προς την κωμόπολη, έστειλε εναντίον του 500 άνδρες.